南京最好的大学有南京大学、东南大学、苏州大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京师范大学、河海大学、江南大学、南京农业大学等。

南京大学坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的金陵古都，是一所历史悠久、声誉卓著的百年名校。其前身是创建于1902年的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。

东南大学是中央直管、教育部直属的全国重点大学，是“985工程”和“211工程”重点建设的大学之一。学校坐落于历史文化名城南京，占地面积5880亩，建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区。

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